Im Jahr 1886 führt Meeresforscher Pierre Arronax eine Expedition vor der Küste Neuenglands durch, um ein geheimnisvolles Seeungeheuer aufzuspüren. Bei seiner Suche stößt er auf das hochentwickelte U-Boot Nautilus, das heimlich unter dem Ozean kreuzt, und dessen charismatischen Kapitän Nemo.