Nach seinem Kampf gegen den 13. Engel weigert Shinji sich Einheit 01 zu verlassen. Nachdem ihm nun eine Anklage wegen Befehlsverweigerung droht, schwört Shinji nie wieder einen Eva zu steuern und verlässt NERV. Doch als der bisher stärkste Engel auftaucht, muss Shinji seine Entscheidung überdenken.