Zur Bestürzung von SEELE ist NERV nach dem Kampf gegen den letzten Engel fast vollkommen wehrlos. Einheit 00 und Einheit 02 sind so stark beschädigt, dass sie vorläufig nicht einsatzbereit sind und Shinji – der einzige Pilot von Einheit 01 – scheint sich in seinem Entry Plug aufgelöst zu haben.